Aconteceu algum problema com seu WordPress e agora você precisa fazer uma faxina? Vou te ajudar nisso!

Primeiro de tudo, faça backup! Independentemente de tudo, faça backup! Dentro da pasta onde fica seu WordPress, faça backup dos arquivos wp-config.php e da pasta wp-content. São os arquivos que têm que ficar, senão você perderá todo seu trabalho.

Vamos comprimir o arquivo e a pasta e mover para a pasta acima.
Assim:
tar -czvf wp_content.tar.gz wp-content
mv wp_content.tar.gz ..
tar -czvf wp_config.tar.gz wp-config.php
mv wp_config.tar.gz ..

Backups feitos! Vamos excluir todos os arquivos, exceto wp-config.php e a pasta wp-content! Atenção, atenção, atenção! Este comando deve ser executado dentro da pasta onde fica seu WordPress!
find . -maxdepth 1 ! -name 'wp-content' ! -name 'wp-config.php' -exec rm -r {} +

Este comando basicamente vai excluir tudo, menos o arquivo wp-config.php e a pasta wp-content. Ficou com medo de executar esse comando? Pode usar o 'rm' em cada pasta e arquivo que estiver aí. Só será mais trabalhoso!

Agora envie para a pasta do servidor onde ficaram os arquivos essenciais o WordPress atualizado e comprimido em 'tar.xz', para ficar mais fácil. Basta descomprimir usando o comando:
tar -xJf wordpress.6.3.2.tar.xz
Entre na pasta que foi criada:cd wordpress.6.3.2/
Mova os arquivos para a pasta acima: mv * ..

Prontinho, concluída sua tarefa de atualização ou limpeza Wordpress!