No terminal, digite:
$ sudo apt autoclean
$ indica que você deve usar o usuário comum para fazer essa operação.
sudo serve para pedir permissões de administrador temporariamente.
apt do inglês, Advanced Package Tool, em português, Ferramenta de Empacotamento Avançada; é a ferramenta que nos ajuda na instalação, atualização e desinstalação de programas, entre outras funções.
autoclean limpa os dados armazenados pelo apt, removendo versões antigas de pacotes ou que não são mais úteis.
Esse cache do apt serve para otimizar algumas instalações.